Seminer Daveti: Spinal Musküler Atrofi için optimal moleküler hedeflerin simülasyon temelli tanımlanması

Hastalığın temel sebebi, hastalardaki Survival Motor Neuron1 (SMN1) geninin iki kopyasının da bozuk olmasıdır. Hastalığının şiddeti SMN1 genine çok benzeyen SMN2 gen sayısıyla ters orantılıdır. Bu gen SMN1 geninin ürettiği doğru SMN proteinini ancak %10-15 oranında üretebilmektedir.Hastalığın şiddetini azaltmak veya tedavisi için hastalardaki SMN proteini miktarını arttırmak potansiyel bir tedavi yöntemidir. Bunu başarmak, gen terapisi dışında, üç şekilde mümkün olabilir: i. SMN2 geninin üretimini arttırarak, ii.üretilen SMN2 RNA'sını SMN1 RNAsına çevirerek, iii. üretilen SMN proteininin dayanıklılığını arttırarak.Mevcut çalışmada ıslak laboratuvar deneyleri incelenerek SMN protein üretimi modellenmiş ve protein artışı sağlayan kimyasallar modele entegre edilmiştir. Böylelikle SMN üretim yolunun deterministik modeli oluşturulmuştur. Bilinen laboratuvar sonuçları ile altta yatan yolun bilgisayım validasyonunu yapılarak, SMN proteinin en fazla üretileceği potansiyal ilaçların optimal kombinasyonlarını belirlemek için model kontrol tekniği kullanılmıştır. Simülasyon sonuçları, SMN konsantrasyonunun normalin 3.84 katına kadar arttırılabileceğini göstermektedir. Çalışma, Snoopy platformundaki hibrit Petri ağları açısından yürütülmektedir. Önerilen bu teknik diğer genetik rahatsızlıklara da kolayca uyarlanabilecek şekildedir.